Terdapat komisi sentral dan komisi khusus yang dibentuk dalam KMB. Komisi khusus ini dibagi menjadi lima bagian sesuai dengan isu yang akan dibahas dalam KMB. Diantara lima isu tersebut, terdapat 3 isu yang sulit ditemukan kata sepakat. Isu – isu tersebut antara lain ….

A. Masalah ekonomi dan keuangan (utang dan perjanjian dagang), masalah uni Indonesia – Belanda, dan masalah Irian Barat

B. Masalah sosial, urusan kebudayaan, dan masalah ekonomi dan keuangan

C. Masalah uni Indonesia – Belanda, , masalah militer, dan masalah Irian Barat