Alasan utama target pembunuhan APRA adalah Sultan Hamengkubuwono ke IX adalah sebagai berikut:

A. Tidak puasnya sultan hamid atas penunjukan dirinya sebagai mentri non portofolio

B. Sultan Hamengkubuono akan membahayakan gerakan APRA selanjutnya

C. Sultan Hamengkubuono adalah mentri Pertahanan dan keamanan

D. Sultan hamengkubuono tidak menyetujui pembentukan negara RIS

E. Sultan Hamengkubuono ingin menangkap westerling dalam keadaan hidup atau mati